- ekskavaatit, Excavata (esim. siimaeliöt)
- SAR (esim. ruskolevät, itiöeliöt, huokoseliöt)
- Archaeplastida (punalevät, viherlevät, kasvit) ja
- yksisiimaiset, Unikonta.
Kolmea ensimmäistä olen käsitellyt edellisissä kirjoituksissa, joten jäljellä on Unikonta-niminen varsin monimuotoinen pääryhmä. Siinä on kaksi suurta kladia eli kehitysinjaa, amebamaiset, Amoebozoa, ja peräsiimaiset eli Opisthokonta. Jälkimmäiseen kuuluvat mm. sienet ja eläimet. Molekyylisystematiikka tukee vahvasti tätä jakoa ja näiden kahden ryhmän monofyleettistä alkuperää ja yhtenäisyyttä.
Sen sijaan Amoebozoa ja Opisthokonta -ryhmien keskinäinen sukulaisuus on ristiriitaisempi. Sitä tukevat myosiiniproteiinien vertailu ja eräät useaan geeniin tai kokonaisiin genomeihin perustuvat tutkimukset.
Toinen yksisiimaisia koskeva ongelma on aitotumaisten evoluutiopuun alkukohta, juuri. Fylogeneettisen puun juuri ankkuroi puun aikaan siten, että juurta lähellä olevat haarautumat ovat vanhimpia. Aitotumaisten evoluutiopuun juuri on epävarma, ja siksi emme tiedä mikä neljästä pääryhmästä on eriytynyt ensimmäisenä. Joitakin aiemmin esitettyjä hypoteesejä on nyttemmin hylätty, mutta niille oikeasta vaihtoehdosta ei ole varmuutta. Jos eukaryoottipuun juuri saadaan selville, tutkijat voisivat päätellä kaikkien aitotumaisten yhteisen kantamuodon ominaisuudet.
Aitotumaisten juuren määrittelyä on selvitetty erilaisten geeniyhdistelmien avulla. Niistä tutkimuksista osa on tuottanut ristiriitaisia tuloksia. Ongelmaa on koitettu lähestyä myös toisella tavalla, joka perustuu harvinaisen evoluutiotapahtumaan, kahden kahta erilaista entsyymiä koodaavan geenin yhdentymiseen. Tutkimuksen suorittivat Alexandra Stechmann ja Thomas Cavalier-Smith, jotka julkaisivat tuloksensa v. 2002 Science-tiedejulkaisussa.
Kyseisten geenien erillisyys on bakteereille ominaista, joten voidaan päätellä, että erilliset geenit ovat alkuperäinen tilanne. Sellainen on myös yksisiimaisilla, mutta muissa aitotumaisten pääryhmissä kyseiset geenit ovat yhdentyneet yhdeksi geeniksi, joka koodaa molemmat entsyymit. Näin ollen yksisiimaiset olisivat eriytyneet omaksi haarakseen ennen kolmea muuta pääryhmää, jotka muodostavat siten yhteisen kladin, joka polveutuu kantamuodosta, jossa kyseiset geenit olisivat yhdistyneet. Aitotumaisten juuri sijaitsee tämän perusteella Unikonta-ryhmän ja muiden ryhmien välissä.
Koska tämä hypoteesi perustuu vain yhteen ominaisuuteen, tarvitaan lisää tietoa, jotta hypoteesin kelvollisuutta voidaan arvioida. Lisäksi tämä päätelmä pätee vain, jos evoluution kulussa geenit yhdistyivät vain kerran eivätkä koskaan sekundaarisesti taas eriytyneet.
Yksisiimaisten tärkeimmät ryhmät
Amebamaiset, Amoebozoa
- Limasienet, Mycetozoa,
- Amebat, Tubulinida
- Suoliamebat, Entamoebida
Peräsiimaiset, Opisthokonta
- Nucleariida
- Sienet, Fungi
- Kaulussiimaeliöt, Choanoflagellata
- Eläimet, Animalia